生物はとても不思議です．
エネルギーや物質を外の世界と自発的にやりとりして止まってしまうということがありません．小さな細胞の中では，分子によるいろいろな反応や運動がおきていてとても活動的です．勝手気ままな活動が過ぎた結果，壊れてしまうというようなこともなく，しばらくするとまるで何者かに統率されたかのように分裂して２つになったりします．
当研究室ではこういった生命現象の不思議を理論的に理解することを目指しています．何々という役割を与えられたタンパク質が何々をする，というラベル付けに満足せず，どういう配列が，どういう構造が，どういう因果律が働いて結果が生じるのかを追求したいと思っています．
もちろん，大腸菌の細胞１つでさえとても複雑すぎてまだまだ理論的に扱いきれる段階には至っていません．生体を構成するタンパク質の配列，フォールディング，立体構造，ドメイン構成，相互作用や会合，機能，そして遺伝情報の本体であるゲノムなどが現在の研究対象になります．また，自分たちの理解を確認するために，人工的にタンパク質を設計すること，デザインも重要だと考えています．
主なアプローチはコンピュータを利用したデータベース解析やシミュレーションです．このような研究領域をバイオインフォマティクスと言います．
Life is very mysterious.
Living organism imports and exports energy and small materials from the outside autonomously, and never stop at the static state. In a small cell, there are many kinds of activities, including various chemical reactions and dynamics of molecules. After the such activities, a cell divides into its two copies, as if a fairy would conduct everything.
We are making efforts to understand biological phenomena theoretically and computationally. We consider protein (or DNA) sequences and structures are the origin to realize all phenomena: we treat them as naturally as possible, without giving them roles artificially.
Of course, it should be difficult to investigate only a single E.coli cell theoretically at the atomic resolution. Currently, we address proteins, molecules that organize, regulate and maintain living organism. We investigate protein sequence, folding, structures, domain architectures, oligomerization, functions, and protein interaction networks. Also, we address genomic sequences that are the blue-print of genetic information. To evaluate our understanding of life, challenging to design artificial protein is important.
To conduct the research, we analyze biological data in a number of databases, and in cases, we developed our own databases. Additionally, we generate data for biological systems employing molecular dynamics simulations. Our research area is called as “Bioinformatics”.
